人類機體由數(shù)萬億個細胞組成,微型計算機能夠通過接受來自外部環(huán)境的信號來完成多種復雜的行為;如今合成生物學家們就能夠?qū)罴毎M行工程化操作來通過將其基因轉(zhuǎn)變成為可編程的回路從而實現(xiàn)對細胞的控制;近日一項刊登在國際雜志NatureBiotechnology上的研究報告中,來自波士頓大學的研究人員通過研究提出了一種新型的簡化平臺,這種平臺能夠更加快速有效地對哺乳動物細胞進行靶向作用,并且將其編程為一種特殊的遺傳回路。
研究者WilsonWong教授說道,合成生物學家們試圖去解決的問題就是我們?nèi)绾巫尲毎贫Q策并且設(shè)計一種新型策略來使得這種決策成為我們所要的那種;基于特殊的遺傳回路,我們利用了一種完全不同的設(shè)計方法開發(fā)出了一種新型框架,來對特殊的細胞類型進行靶向作用,并且使其能夠完成不同類型的計算,最終或許就能夠用來設(shè)計新方法來促進組織工程學、干細胞研究以及診斷領(lǐng)域的創(chuàng)新性研究。
從歷史學上來講,對遺傳回路進行工程化操作的靈感來自于電子電路設(shè)計,而遺傳回路能夠利用轉(zhuǎn)錄因子遵循相類似的方法,但實際上這其中存在很多困難,因為研究者很難預測一種全新的遺傳代碼,而對哺乳動物細胞進行研究或許也是一項非常棘手的工作,因為哺乳動物的細胞是一個多變的環(huán)境,其能夠表現(xiàn)出高度復雜的行為。
這項最新研究中,研究者Wong利用DNA重組酶進行研究,這種酶類能夠切割并且黏貼DNA序列片段,從而就能夠允許對細胞和其行為進行更多的靶向性操作,研究者所開發(fā)的平臺名為“BLADE”(BooleanlogicandarithmeticthroughDNAexcision,通過DNA切割進行的布爾邏輯和運算),其指的是細胞被重編程所利用的計算機語言,以及被重編程后所實現(xiàn)的計算結(jié)果;這種新型平臺能夠幫助研究者在一種流線型的設(shè)備上利用不同的信號或輸入語言來控制輸出或細胞的行為。
研究者BenjaminWeinberg指出,從本質(zhì)上來講,在平臺BLADE的幫助下,我們就可以在哺乳動物細胞中完成任意組合的計算,雖然在當前的研究中我們無法構(gòu)建出所需的細胞特殊行為,但我們想要闡明的是,利用該平臺我們就能夠構(gòu)建出所需要的回路來實現(xiàn)所要尋找的細胞行為。這項研究中,研究人員利用BLADE平臺成功構(gòu)建出了100多個回路樣本,Weinberg表示,研究者們能夠有意識地構(gòu)建出具有復雜功能的復雜回路來闡明這種設(shè)計的可能性,其中就包括對人類細胞編程來添加或者減少細胞的數(shù)量,目前我們已經(jīng)將設(shè)計計劃上傳到了一個開放的在線資源庫中,以便其他研究者能夠下載該工具在其研究中進行使用;后期研究者將會繼續(xù)優(yōu)化該技術(shù),并且插入某些軟件程序使得該平臺更加便于使用,同時他們還計劃利用該平臺深入探索其在醫(yī)療診斷領(lǐng)域的應(yīng)用。
最后研究者Wong說道,在BLADE平臺被開發(fā)之前,任何一個回路都需要花費多年來構(gòu)建,為了使其能夠功能化運行,我們還需要利用反復試驗法來確保其能夠按照我們的想法“工作”;研究者Wong從事合成生物學研究已經(jīng)15年了,他從未看到過能夠利用該平臺進行第一次嘗試就能夠構(gòu)建出一種復雜的回路,基于該研究結(jié)果,本文的研究者們非常激動,后期他們還希望進行更為深入的研究來繼續(xù)利用BLADE平臺進行更為深入的探索研究。
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