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中國(guó)肝癌早診突破!浙大和鄭大科學(xué)家首次建立了基于腸道微生物的肝癌早期診斷AI模型,在跨地域人群中得到驗(yàn)證

2018-08-15 來(lái)源:奇點(diǎn)網(wǎng)  標(biāo)簽: 掌上醫(yī)生 喝茶減肥 一天瘦一斤 安全減肥 cps聯(lián)盟 美容護(hù)膚
摘要:發(fā)病率高的同時(shí),預(yù)后也讓人感到擔(dān)憂(yōu),原因之一就在于早期診斷很困難。肝癌因?yàn)槿鄙偬禺愋缘臉?biāo)志物,很多患者確診時(shí)就已經(jīng)是晚期了,死亡率與發(fā)病率的比值能夠達(dá)到0.95[3]。因此,找到新的早期診斷標(biāo)志物對(duì)于患者來(lái)說(shuō)意義非凡。

不知不覺(jué)間,肝癌已經(jīng)成為了所有癌癥中排名第三[1]的“生命收割機(jī)”,中國(guó)的形勢(shì)也不怎么樂(lè)觀,根據(jù)2015年的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù),中國(guó)新發(fā)肝癌病例達(dá)到46.6萬(wàn),其中男性的數(shù)量約為女性的3倍[2]。

發(fā)病率高的同時(shí),預(yù)后也讓人感到擔(dān)憂(yōu),原因之一就在于早期診斷很困難。肝癌因?yàn)槿鄙偬禺愋缘臉?biāo)志物,很多患者確診時(shí)就已經(jīng)是晚期了,死亡率與發(fā)病率的比值能夠達(dá)到0.95[3]。因此,找到新的早期診斷標(biāo)志物對(duì)于患者來(lái)說(shuō)意義非凡。

近年來(lái),腸道微生物的快速發(fā)展為這個(gè)難題提供了新的可能(奇點(diǎn)糕仿佛已經(jīng)看到了大家的表情:又是腸道微生物)。在最近的《英國(guó)醫(yī)學(xué)雜志》(BMJ)子刊《腸道》(Gut)上,浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院鄭樹(shù)森院士和李蘭娟院士,以及鄭州大學(xué)第一附屬醫(yī)院闞全程教授展開(kāi)合作,他們描述了從健康到肝硬化以及從肝硬化到早期肝癌過(guò)程中,糞便微生物的變化,還找到了30個(gè)最佳的區(qū)分早期肝癌和健康人的微生物標(biāo)志物,并且在不同地區(qū)的癌癥患者樣本中得到了驗(yàn)證[4]!

這是首次成功建立了肝癌的微生物標(biāo)志物診斷模型,并且在跨區(qū)域的患者樣本中進(jìn)行了驗(yàn)證,說(shuō)明微生物可以成為早期診斷肝癌的一種非侵入性的“工具”,而且這項(xiàng)研究從模型的建立到驗(yàn)證都是在中國(guó)人群中進(jìn)行的,對(duì)今后我國(guó)的臨床科研和應(yīng)用都有很大的參考價(jià)值。

研究人員在華東、華中和西北地區(qū)共采集了486份糞便樣本,經(jīng)過(guò)對(duì)捐贈(zèng)者進(jìn)行嚴(yán)格的病理診斷和調(diào)查,最后納入了浙江地區(qū)的150例肝癌患者,131例健康人對(duì)照和40例肝硬化患者,隨機(jī)分成診斷模型構(gòu)建隊(duì)列和驗(yàn)證隊(duì)列(構(gòu)建隊(duì)列組成包括75例早期肝癌患者,75例健康人和40例肝硬化患者;驗(yàn)證隊(duì)列組成包括30例早期肝癌患者,45例晚期肝癌患者和56個(gè)健康人)。486份糞便樣本中來(lái)自新疆的18例肝癌患者和來(lái)自鄭州的80例肝癌患者被單獨(dú)組成了另一組驗(yàn)證隊(duì)列,用來(lái)檢驗(yàn)這個(gè)早期診斷模型在跨地區(qū)患者群體中的效果。

研究人員發(fā)現(xiàn),肝硬化患者的腸道微生物多樣性與健康人相比顯著降低,而早期肝癌患者相比肝硬化患者卻是顯著增加的。與肝硬化患者相比,早期肝癌患者的放線(xiàn)菌門(mén)細(xì)菌明顯增加,而且,包括Gemmiger、Parabacteroides和Paraprevotella在內(nèi)的13個(gè)屬的細(xì)菌明顯富集。

而與健康人相比,早期肝癌患者疣微菌門(mén)(Verrucomicrobia)細(xì)菌明顯減少,從屬的水平上來(lái)看,包括Alistipes、考拉桿菌屬(Phascolarctobacterium)和瘤胃球菌屬(Ruminococcus)在內(nèi)的12個(gè)屬的細(xì)菌也明顯減少了,與此同時(shí),包括克雷伯氏菌屬(Klebsiella)和嗜血菌屬(Haemophilus)在內(nèi)的6個(gè)屬的細(xì)菌則增加了。

與健康人(綠)相比,早期肝癌患者(紅)幾個(gè)屬的腸道微生物豐度的變化,F(xiàn)為減少的12個(gè)屬,G為增加的6個(gè)屬

通過(guò)比較,研究人員確定,肝硬化患者與早期肝癌患者,還有健康人與早期肝癌患者之間的腸道微生物組成確實(shí)差異很大。這樣看來(lái),使用腸道微生物特征來(lái)區(qū)分健康人與早期肝癌患者應(yīng)該是可行的。

接下來(lái),研究人員構(gòu)建了一個(gè)用來(lái)診斷早期肝癌患者的隨機(jī)森林(randomforest)分類(lèi)器模型。隨機(jī)森林模型是一種比較新的機(jī)器學(xué)習(xí)模型,比經(jīng)典的機(jī)器學(xué)習(xí)模型預(yù)測(cè)精度更高,而且沒(méi)有顯著增加運(yùn)算量(機(jī)器學(xué)習(xí)模型的部分奇點(diǎn)糕就不仔細(xì)講啦,感興趣的同學(xué)可以看一下原論文)。

通過(guò)前面提到的診斷模型構(gòu)建隊(duì)列,研究人員從110個(gè)關(guān)鍵的與早期肝癌相關(guān)的OTU中篩選出了30個(gè)預(yù)測(cè)效果最佳的,在這個(gè)隊(duì)列中,AUC值達(dá)到80.64%。(奇點(diǎn)糕科普小課堂:OTU是微生物研究中的一個(gè)常用概念,通過(guò)基因測(cè)序,研究人員將序列相似度超過(guò)97%的DNA片段歸為一類(lèi),組成一個(gè)臨時(shí)分類(lèi)單位,也就是OTU,一個(gè)OTU相當(dāng)于一個(gè)菌種。AUC值是一個(gè)概率值,用來(lái)判斷預(yù)測(cè)模型的優(yōu)劣,數(shù)值通常在0.5-1(50%-100%)之間,越接近1,說(shuō)明預(yù)測(cè)越準(zhǔn)確。好,現(xiàn)在帶著這些知識(shí)再把括號(hào)前那句話(huà)讀一遍~)

模型構(gòu)建成功之后就要進(jìn)入驗(yàn)證階段了。在和構(gòu)建隊(duì)列同屬浙江地區(qū)的驗(yàn)證隊(duì)列中,診斷模型區(qū)分健康人和早期肝癌患者的AUC值雖然略低于構(gòu)建隊(duì)列,但也達(dá)到了76.80%。為了表明診斷模型的特異性,研究人員還使用隊(duì)列中的晚期肝癌患者的數(shù)據(jù)進(jìn)行了驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn),在區(qū)分健康人與晚期肝癌患者時(shí),AUC值為80.40%,說(shuō)明這個(gè)診斷模型對(duì)晚期肝癌患者的診斷也是有效的。

最后,還有兩個(gè)沒(méi)上場(chǎng)的來(lái)自新疆和鄭州的隊(duì)列,在這兩個(gè)與浙江遙遙相望的地區(qū)招募的隊(duì)列中,預(yù)測(cè)模型還能有良好的預(yù)測(cè)效果嗎?結(jié)果沒(méi)有讓研究人員失望,在新疆隊(duì)列中,AUC值為79.20%,而鄭州隊(duì)列更是達(dá)到了81.70%。

其實(shí)用腸道微生物來(lái)建立疾病的診斷或是預(yù)測(cè)模型一直是這個(gè)領(lǐng)域內(nèi)很多研究人員努力的方向,像炎癥性腸病、結(jié)直腸癌2型糖尿病都已經(jīng)取得了一些成果了,這一次輪到了肝癌。

研究人員表示,未來(lái)還需要更大規(guī)模的,來(lái)自不同種族的人群研究來(lái)完善、驗(yàn)證這個(gè)模型,他們的最終目標(biāo)就是為早期肝癌的檢測(cè)提供一個(gè)基于腸道微生物的新方法,讓患者可以盡早接受治療。

 

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