真正病因不詳，有兩種學說。

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　　由于髓管殘留或骶尾縫發(fā)育畸形導致皮膚的包涵物。但與嬰兒的中線位肛后淺凹部位很少找到藏毛疾病的前驅病變，而在成年人確多見。

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　　認為竇和囊腫是由于損傷、手術、異物刺激和慢性感染引起的肉芽腫疾病。近來證實由外倍進入的毛發(fā)是主要病因。臀間裂有負吸引作用，可使脫落的毛發(fā)向皮下穿透。裂內毛發(fā)過多過長，毛頂部有濾過和浸軟毛膚作用，毛發(fā)穿入皮膚，形成短道，以后加深成竇，毛根脫落到竇內也可使毛干穿透，在發(fā)病過程中可見運動改變(圖2)，但只有一半病例可發(fā)現毛發(fā)，此病多見于多毛平、皮脂過度活動、臀間裂過深和臀部常受傷的病人。汽車司機骶尾部皮膚常受長期顛波、損傷，可使皮脂腺組織和碎屑存積于囊內，引起炎癥。美國陸軍發(fā)生這種病較多，稱為吉普病。常見的病菌有厭氧菌、葡萄球菌、鏈球菌和大腸桿菌。Rainsbury及Southan分析了靜止的藏毛疾病，單個細菌不到半數，而厭氧菌占58%。奇怪的是葡萄球菌不常見，多數需氧菌為革蘭陰性細菌。