許多自閉癥兒童至少首先表現(xiàn)出免疫失調(diào)，要么反應(yīng)過度，要么反應(yīng)不夠。一些研究者和醫(yī)生已經(jīng)整理出一套理論，當(dāng)一個(gè)病弱的孩子遭遇環(huán)境侵害時(shí)（例如汞接觸或者接受疫苗中弱化的病毒），孩子的免疫系統(tǒng)的打擊對(duì)象不僅是真正的過敏原而且還包括看起來像過敏原的大腦的分子構(gòu)造。

　　自免疫過程的一個(gè)秘密是孩子體內(nèi)有針對(duì)中樞神經(jīng)系統(tǒng)蛋白質(zhì)髓磷脂保護(hù)蛋白質(zhì)（MBP）的自抗體。一項(xiàng)對(duì)比研究把33個(gè)自閉癥孩子跟18個(gè)正常孩子，20個(gè)智力遲緩孩子，12個(gè)唐氏綜合癥孩子做了比較，58%的自閉癥孩子體內(nèi)發(fā)現(xiàn)抗髓磷脂保護(hù)蛋白質(zhì)的自抗體，其他孩子中只有9%的幾率。

　　這是一個(gè)令人振奮的發(fā)現(xiàn)，因?yàn)樗枨市纬墒侨四X發(fā)育的重要組成部分。在髓磷脂像護(hù)套一樣把神經(jīng)包圍起來，神經(jīng)必須依賴髓磷脂才能有效地傳導(dǎo)能量的脈沖。就像電線的絕緣外層，髓磷脂的脂肪層幫助把電流圍護(hù)起來，從而保持神經(jīng)電信號(hào)的完整性。當(dāng)電線的絕緣遭到破壞或毀壞時(shí)，電流就會(huì)中斷或者短路。當(dāng)免疫系統(tǒng)共計(jì)自身的髓磷脂時(shí)，短路就在大腦里發(fā)生了。神經(jīng)的軸突就停止正常工作。

　　自免疫的研究結(jié)果為自閉癥的其他亞型及其成因提供了理論支持。如前所述，含有乙烷汞或者活性病毒的疫苗可能早就造成孩子免疫失調(diào)，營養(yǎng)狀況失衡，以及體質(zhì)虛弱。另外，越來越多的臨床數(shù)據(jù)顯示一些自閉癥孩子患有慢性的，臨床癥狀不明顯的感染癥，而這些感染癥對(duì)于孩子的不良特性具有重要的病因?qū)W價(jià)值。