外科手術(shù)是治療睪丸畸胎瘤的首選治療方法。對兒童睪丸畸胎瘤患者可根據(jù)AFP水平正常、B超提示有正常的睪丸實質(zhì)存在、術(shù)中冰凍病理檢查結(jié)果排除惡性腫瘤者，可以考慮行保留睪丸手術(shù)。
睪丸皮樣囊腫和兒童睪丸畸胎瘤患者手術(shù)后無需其他治療。對青春期后睪丸畸胎瘤伴有腹膜后淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的患者行根治性睪丸切除術(shù)+腹膜后淋巴結(jié)清掃術(shù)。絕大多數(shù)畸胎瘤轉(zhuǎn)移灶與原發(fā)灶病理類型一致，但也有在畸胎瘤的轉(zhuǎn)移灶中發(fā)現(xiàn)胚胎癌成分。遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移畸胎瘤中的惡變成分對生殖細(xì)胞腫瘤的化療方案療效不佳。