有時不易與傷寒鑒別，須依靠細菌培養(yǎng)及傷寒凝集試驗才能確診。
1、細菌培養(yǎng)：發(fā)熱期間血液和骨髓培養(yǎng)陽性率較高，胃腸炎型患者糞便培養(yǎng)易獲陽性，有局部化膿病灶的患者，可從抽取的膿液中檢出病原菌。
2、傷寒凝集試驗：副傷寒甲，乙的凝集效價較高，但副傷寒丙的效價較低，少數(shù)患者在病程中傷寒凝集試驗始終陰性。 

傷寒病早期(第1周以內)，特征性表現(xiàn)尚未顯露，應與下列疾病相鑒別：
1、病毒感染：上呼吸道病毒感染亦可有持續(xù)發(fā)熱，頭痛，白細胞數(shù)減少，與早期傷寒相似，但此類患者起病較急，多伴有上呼吸道癥狀，常無緩脈，脾大或玫瑰疹，傷寒的病原與血清學檢查均為陰性，常在1周內自愈。
2、瘧疾：各型瘧疾尤其惡性瘧疾易與傷寒相混淆，但瘧疾每天體溫波動較大，發(fā)熱前伴畏寒或寒戰(zhàn)，熱退時多汗，脾較大質稍硬，貧血較明顯，外周血及骨髓涂片可發(fā)現(xiàn)瘧原蟲，用有效抗瘧藥治療迅速退熱，抗生素治療無效。
3、鉤端螺旋體?。罕静〉牧鞲袀驮谙那锛玖餍衅陂g極常見，起病急，伴畏寒發(fā)熱，發(fā)熱呈持續(xù)型或弛張型，與傷寒相似，患者有疫水接觸史，眼結膜充血，全身酸痛，尤以腓腸肌疼痛與壓痛為著，腹股溝淋巴結腫大等;外周血白細胞數(shù)增高，血沉加快，進行有關病原，血清學檢查即可確診。
4、急性病毒性肝炎：急性黃疸型肝炎的黃疸前期有發(fā)熱，全身不適，消化道癥狀，白細胞減少或正常，不易與傷寒相區(qū)別，但此病患者每于病程第5～7天出現(xiàn)黃疸，體溫亦隨之回復正常，肝大壓痛，肝功能明顯異常，可通過病毒性肝炎血清學標志檢查而確診，此外，傷寒并發(fā)中毒性肝炎亦每易與病毒性肝炎相混淆，但前者肝功能損害相對較輕，有黃疸者在黃疸出現(xiàn)后仍發(fā)熱不退，并有傷寒的其他特征性表現(xiàn)，血培養(yǎng)傷寒桿菌可為陽性，隨著病情好轉，肝大及肝功能較快恢復正常，傷寒病的極期(第2周)以后，須與下列疾病相鑒別。
5、敗血癥：部分革蘭陰性桿菌敗血癥須與傷寒相鑒別，此癥可有膽系，尿路，腸道等原發(fā)感染灶，發(fā)熱常伴有寒戰(zhàn)，多汗，有出血傾向，不少患者早期可發(fā)生休克且持續(xù)時間較長，白細胞雖可正?；蛏缘?，但常伴核左移，確診須依靠細菌培養(yǎng)。
6、粟粒型肺結核：發(fā)熱較不規(guī)則，常伴有盜汗，脈較快，呼吸急促，發(fā)紺等，有結核病史或有與結核病患者密切接觸史，X線攝片可見肺部有粟粒狀陰影。
7、布魯菌病：有與病畜接觸或飲用未經(jīng)消毒的牛，羊乳或乳制品史，長期不規(guī)則發(fā)熱，發(fā)作時呈波浪熱型，有關節(jié)，肌肉疼痛及多汗，血清布魯菌凝集試驗陽性，血及骨髓培養(yǎng)可分離到布魯菌。
8、地方性斑疹傷寒：起病較急，高熱常伴寒戰(zhàn)，脈快，結膜充血和皮疹，皮疹出現(xiàn)較早(第3～5天)，數(shù)量較多，分布較廣，色暗紅，壓之不退，退疹后有色素沉著，病程約2周，白細胞數(shù)大多正常，血清變形桿菌凝集反應(外-斐反應)陽性;血液接種豚鼠腹腔可分離出莫氏立克次體。
9、結核性腦膜炎：部分傷寒患者因嚴重毒血癥可兼有劇烈頭痛，譫妄，昏睡，頸抵抗等虛性腦膜炎表現(xiàn)，容易與結核性腦膜炎相混淆，但結核性腦膜炎患者多伴有其他臟器結核，雖有持續(xù)發(fā)熱但無玫瑰疹與脾腫大，頭痛與頸抵抗更顯著，可伴有眼球震顫，腦神經(jīng)癱瘓等，未經(jīng)抗結核特效治療病程逐漸加重，腦脊液檢查符合結核性腦膜炎改變;腦脊液涂片，培養(yǎng)，動物接種可發(fā)現(xiàn)結核桿菌。
10、惡性組織細胞增生癥：本病的病理特點是單核-巨噬細胞系統(tǒng)中組織細胞呈異常增生和浸潤，臨床表現(xiàn)復雜多變，有時主要表現(xiàn)為發(fā)熱，肝，脾腫大和白細胞減少，加之傷寒的骨髓片中有時可出現(xiàn)組織細胞增多和吞噬現(xiàn)象，故易相混淆，但本病病情進展較快，有明顯的貧血，出血癥狀;血片和(或)骨髓片有特異性惡性組織細胞和(或)多核巨組織細胞，增生的組織細胞形態(tài)不一，并可吞噬紅，白細胞及血小板;外周血象出現(xiàn)顯著的全血細胞減少，抗菌藥物治療無效。