臨床上應注意與流感、普通感冒、細菌性肺炎、傳染性非典型肺炎(SARS)、傳染性單核細胞增多癥、巨細胞病毒感染、衣原體肺炎、支原體肺炎等疾病進行鑒別診斷。
1、與流行性感冒鑒別
流行性感冒一般分為三種，即甲型、乙型和丙型。乙型和丙型流行性感冒一般只在人群中傳播，很少傳染到其他動物。甲型流行性感冒大部分都是禽流感，禽流感病毒一般很少使人發(fā)病。禽流感主要在鳥類中間傳播，偶可感染至人，其臨床表現(xiàn)與人類流行性感冒相似，但人禽流感癥狀重、并發(fā)癥多，與普通流感有一定區(qū)別。
2、細菌性肺炎
主要有感染性和理化性如放射線、毒氣、藥物以及變態(tài)反應性如過敏性肺炎等，臨床所見絕大多數(shù)為細菌、病毒、衣原體、支原體、立克次體、真菌和寄生蟲等引起的感染性肺炎，其中以細菌最為常見。
3、衣原體肺炎
肺炎衣原體與鸚鵡熱和砂眼衣原體有相同的屬特異性抗原，而其他特異性抗原血清學特征卻不同。通常DNA雜交試驗和限制性核酸內(nèi)切酶分析確認其為不同于砂眼和鸚鵡熱衣原體的第三種衣原體。