本病應(yīng)與小兒暑溫作鑒別。小兒暑溫亦發(fā)生在夏秋季，也有高熱、抽搐、昏迷，但其高熱不在第一天，并且始終無膿血便。
1、侵襲性大腸埃希桿菌(EIEC)腸炎 本病發(fā)病季節(jié)與病癥極似菌痢，也表現(xiàn)為發(fā)熱、腹瀉、膿血便，也發(fā)現(xiàn)有類似中毒型痢疾的表現(xiàn)。鑒別需依據(jù)糞便培養(yǎng)，培養(yǎng)結(jié)果：痢疾桿菌陰性，發(fā)現(xiàn)有大腸埃希桿菌，再用此大腸埃希桿菌菌液滴入豚鼠眼結(jié)膜囊內(nèi)24h后如發(fā)現(xiàn)豚鼠結(jié)膜充血有炎癥反應(yīng)，即可確診為侵襲性大腸埃希桿菌。
2、空腸彎曲菌腸炎 本病發(fā)病季節(jié)與臨床經(jīng)過也類似菌痢。多見于3歲以上小兒。癥狀表現(xiàn)發(fā)熱、腹瀉，先為稀便，以后可表現(xiàn)為膿血便，類似痢疾。鑒別需依據(jù)糞便培養(yǎng)。采用微需氧43℃培養(yǎng)法，可培養(yǎng)出空腸彎曲菌。
3、沙門菌腸炎 以小嬰兒多見，糞便多樣化為其特點，開始為稀便，以后可表現(xiàn)為黏液、膿血便。易誤診為菌痢。鑒別首先發(fā)病年齡不同，痢疾多見于3歲以上兒童，小嬰少見。準確鑒別需依據(jù)糞便培養(yǎng)。