結腸癌的鑒別診斷主要是結腸炎性疾病，如腸結核、血吸蟲病、肉芽腫、阿米巴肉芽腫、潰瘍性結腸炎以及結腸息肉病等。臨床上鑒別要點是病期的長短，糞便檢查寄生蟲，鋇灌腸檢查所見病變形態(tài)和范圍等，闌尾周圍膿腫可被誤診為盲腸癌(結腸癌)，但本病血象中白細腸及中性粒細胞增高，無貧血、消瘦等惡病質，作鋇灌腸檢查可明確診斷。 

1、直腸癌往往被誤診為痔、細菌性痢疾、慢性結腸炎等。誤診率高達60%～80%，其主要原因是沒有進行必要的檢查，特別是肛門指診和直腸鏡檢查。
2、結腸其他腫瘤如結腸直腸類癌，瘤體小時無癥狀，瘤體長大時可破潰，出現(xiàn)極似結腸腺癌的癥狀;原發(fā)于結腸的惡性淋巴瘤，病變形態(tài)呈多樣性，與結腸癌常不易區(qū)別。均應作組織涂片活檢來鑒別之。
在肛腸科診療過程中，通過指診發(fā)現(xiàn)直腸黏膜外腫塊是比較常見的事。由于黏膜外腫塊不像直腸癌那樣直觀，良惡性一時也難于鑒別，因此常易誤診。直腸黏膜外腫塊其起源復雜，可來自于黏膜外腸壁組織或腸外組織。根據(jù)病變性質這些腫塊可分為3類：①良性腫瘤，如平滑肌瘤、纖維瘤等;②惡性腫瘤(包括原發(fā)和轉移)，如平滑肌肉瘤、惡性淋巴瘤、畸胎瘤、胃癌種植轉移等;③炎性腫塊或其他良性增生，如痔瘡注射治療后組織反應性增生或機化，結核性病性肉芽腫等。
以直腸黏膜外腫塊為首發(fā)癥狀者較少，多數(shù)是以直腸會陰部癥狀而發(fā)現(xiàn)的，這些癥狀與直腸癌癥狀又極為相似，所以如果是單純憑指診結果往往與直腸癌相混淆，尤其是腫瘤突破直腸黏膜者。全面地詢問病史，對診斷有一定幫助，腔內B超可確定腫塊大小及范圍，對判別腫塊來源也有幫助。對于較大的腫塊或來自骶骨的腫瘤，CT或MRI可了解腫瘤的占位情況及破壞情況。有一部分腫瘤來自于胃腸腫瘤的轉移，應注意尋找原發(fā)病灶，如胃鏡、鋇餐等。腫塊活檢是惟一的確診手段，活檢應在良好的麻醉下進行，松弛肛門括約肌，切開黏膜層，在明視下切取腫塊組織。一次活檢失敗后可多次重復，多數(shù)病例可獲得確診。