本病臨床表現(xiàn)輕重不等，全身性巨細胞包涵體病主要發(fā)生于新生兒和幼嬰期，如此時見到黃疸、肝脾腫大、皮膚瘀點、小頭畸形、顱內鈣化等，應注意與弓形體病、敗血癥、先天性膽道梗阻、乳兒肝炎、全身性單純皰疹、先天性白血病、先天性風疹綜合征等鑒別。智力低下，運動障礙、腦性癱瘓等癥狀一般在較大嬰兒才能被發(fā)現(xiàn)。
兒童期出現(xiàn)下列情況時，要考慮獲得性巨細胞包涵體病的可能性：①不能以其他病因解釋的慢性肝病或遷延性間質性肺炎；②臨床類似傳染性單核細胞增多癥，但抗EB病毒衣殼抗原的嗜異凝集試驗陰性，往往發(fā)生于手術（尤其開心手術）后接受大量新鮮血者；③接受免疫抑制劑治療的慢性消耗性疾病患兒（如白血病、惡性腫瘤）、接受器官移植的受者，如發(fā)生較嚴重的肺炎，往往是CMV感染所致。
遇到上述情況時，要進行病毒學和血清學檢測才能明確診斷。
大多CMV感染是不顯性的。感染后的表現(xiàn)多種多樣。有癥狀者分為兩個類型：
1、先天性感染 約10％患兒在出生后有明顯癥狀，表現(xiàn)為肝脾腫大、持續(xù)性黃疸、皮膚瘀點、小頭畸形、脈絡膜視網(wǎng)膜炎、智力低下和運動障礙等。上述任何一項表現(xiàn)都可單獨存在，并可伴有生長緩慢、煩躁、有時發(fā)熱，體溫自微熱至40℃。但因出生時僅有一小部分患兒有臨床癥狀，故多數(shù)不能確定診斷。如生后數(shù)月至數(shù)年才出現(xiàn)癥狀者，也可表現(xiàn)為聽力喪失，輕度神經(jīng)系統(tǒng)癥狀及發(fā)育障礙，以致影響學習。先天性巨細胞包涵體病患兒，可出現(xiàn)各種先天畸形，可有痙攣狀態(tài)、兩側癱瘓、癲癇樣抽搐、視神經(jīng)萎縮、耳聾（約10％患兒發(fā)生耳聾），并可對細菌感染的敏感性增加。有的無癥狀先天性CMV感染的患兒，雖體格發(fā)育正常，仍可有先天畸形及聽力損害，但其發(fā)生率和嚴重程度均低于有癥狀的患兒。
2、獲得性感染 本病為自限性疾病，臨床表現(xiàn)一般較輕，雖然多數(shù)嬰兒為亞臨床感染，但其癥狀的發(fā)生率仍較成人為高，表現(xiàn)為肝、脾和淋巴結腫大、皮疹、支氣管炎或肺炎等，也可出現(xiàn)肝炎。與先天性感染患兒不同者為神經(jīng)系統(tǒng)極少被侵犯。兒童期感染常通過呼吸道獲得，常為不顯性，但成為長期帶毒者，偶可出現(xiàn)遷延性肝炎或間質性肺炎。多次接受新鮮血液輸血的患兒，也可發(fā)生此病，其表現(xiàn)可酷似傳染性單核細胞增多癥，但EB病毒衣殼抗原的嗜異凝集反應和IgM抗體始終陰性，也可引起溶血性貧血或感染性末梢神經(jīng)炎。不顯性CMV感染的激活常發(fā)生于各種因素使機體免疫力降低的情況下，可使?jié)撛诘牟《靖腥颈患せ疃l(fā)病。這些因素包括妊娠、器官移植，應用免疫抑制劑或抗代謝藥物、外科手術、巨血病、腫瘤等，可出現(xiàn)肺炎、肝炎、視網(wǎng)膜炎。間質性肺炎是骨髓移植受者CMV感染最嚴重的后果，其發(fā)生率達40％，病死率達90％。AIDS患兒具有較高的CMV感染率，其特點是遷延的病毒血癥，病情呈進行性發(fā)展，常為最常見的死因。

應注意與弓形體病、敗血癥、先天性膽道梗阻、乳兒肝炎、全身性單純皰疹、先天性白血病、先天性風疹綜合征等鑒別。智力低下，運動障礙、腦性癱瘓等癥狀一般在較大嬰兒才能被發(fā)現(xiàn)。