本病常常合并其它部位的疾病，若脊柱受累，囊腫可壓迫脊髓或神經根，則出現(xiàn)神經受損的癥狀和體征，甚至出現(xiàn)截癱。晚期囊腫穿破骨皮質侵入周圍軟組織，則臨床上可出現(xiàn)大包塊。若穿破皮膚，可繼發(fā)感染，瘺管可長期外流膿液及包蟲的碎片，難以愈合。臨床上關節(jié)內受侵犯者很少，個別受累時，可導致病理性脫位。
骨包蟲病患者還常合并有肝、肺、腦等其他部位病變。